Die durch den Verbrennungsprozess entstehende schadstoffbelastete Abluft wird in mehreren Stufen gesäubert. Der Elektrofilter reinigt das Abgas von umweltbelastendem Staub. In einem mehrstufigen Verfahren werden mittels Wäscher weitere Schadstoffe aus dem Abgas ausgewaschen: Schwefeloxide, Chlor- und Fluor-Wasserstoff, Schwermetalle wie Quecksilber und andere. Die Abluft, welche die KVA Linth über den 100 Meter hohen Hochkamin verlässt, unterschreitet die zulässigen Grenzwerte um ein Vielfaches. 

Auch das Abwasser aus der Abgasreinigung enthält Schadstoffe. Es wird in einem komplexen Verfahren gesäubert, bevor es nach einer Schlusskontrolle in den Vorfluter gelangt.